一般性診斷

包括病史詢問(內、外、產科史、代謝病史、感染中，宮內有無異物存放，有無藥物中毒，接受放射線治療等)，體檢及盆腔檢查時應注意子宮大小、位置，附件情況，基礎體溫測定，宮內膜檢查，子宮輸卵管造影，必要時作宮腔鏡和腹腔鏡檢查。實驗室檢查包括血常規、血沉、血型及精液常規等。

內分泌診斷

導致流產的內分泌異常包括婦科內分泌和內科內分泌異常。婦科內分泌異常包括常見的有黃體功能不全、高催乳素血癥、多囊卵巢綜合征等。婦科內分泌異常要經過基礎體溫測定(BBT)、子宮內膜活檢、激素測定、血清泌乳素(PRL)測定等檢查;內科內分泌異主要是糖尿病和甲狀腺功能異常，相關疾病以及激素也要進行檢查。

遺傳檢查

對疑有遺傳性疾病者，夫婦雙方均應做染色體核型檢查，或進一步做夫婦的家系遺傳學調查和系譜繪制。

有些還應對于流產后妊娠物的病理解剖及細胞遺傳學的研究。

免疫檢查

免疫性流產包括有同種免疫紊亂和自身免疫異常。同種免疫紊亂的排查需要做封閉抗體，夫婦HLA配對等檢查，目前封閉抗體是檢查最多也是最實用的，假如封閉抗體呈陰性，則表明母體不能產生對胚胎有保護性的“封閉抗體”，胚胎將會受到母體免疫細胞的攻擊而容易發生停育;自身免疫異常則需要通過檢查母親體內抗體如抗磷脂抗體、抗精子抗體，抗孕激素抗體，抗雌激素抗體等，醫生必須找出哪種抗體對習慣性流產的影響較大。

因此疑為免疫性習慣性流產的女性，首先應用混合淋巴細胞培養反應 (MLR) 及淋巴細胞毒性抗體測定，鑒別原發性與繼發性流產，還需要做抗精子抗體的測定和血型及抗血型抗體測定。