對中樞神經系統的作用

石菖蒲有鎮靜作用。煎劑或揮發油均能使小鼠自發活動減少，解除單籠飼養小鼠的攻擊行為；亦能延長戊巴比妥鈉所致的睡眠時間，對閾下催眠劑量的戊巴比妥鈉有協同作用。此外， 尚能顯著延長戊巴比妥鈉的麻醉時間。研究表明：揮發油中的細辛醚是鎮靜的有效成分，但除去揮發油后仍有鎮靜作用， 提示其鎮靜成分不只一種。

石菖蒲煎劑對戊四氮引起的小鼠驚厥有一定的對抗作用，與對照組相比， 能使自主活動減少，抽搐開始時間推遲， 抽搐鼠數較少。揮發油中的α-細辛醚140mg/kg能完全對抗小鼠電驚厥和戊四氮驚厥，并能對抗家兔側腦室給Ach所致驚厥，除去揮發油的水煎劑亦有作用。

石菖蒲辛溫行散,苦溫除濕,主入心、胃二經,既能除痰利心竅,又能化濕以和中。適于痰濁閉竅及濕阻中焦等癥。

石菖蒲治癲癇:九節菖蒲(去毛焙干),以木臼杵為細末,不可犯鐵器,用黑豮豬心以竹刀批開,砂罐煮湯送下,每日空心服二、三錢。(《醫學正傳》)

石菖蒲治心膽氣虛,心神不寧證,癲癇與遺精:茯苓30g,茯神30g,人參30g,遠志30g,石菖蒲15g,龍齒15g。煉蜜為丸,辰砂為衣,每服2錢,開水送下。安神定志丸(《醫學心悟》)

對心血管系統的作用

石菖蒲揮發油（β-細辛醚）在一定濃度下有使豚鼠冠狀血管擴張的作用。臨床常用于冠心病、肺心病等屬于痰濁氣滯之胸痹者的治療，其機制可能與其能增加冠脈流量有關， 還可能與鎮靜、改善消化機能、平喘、鎮咳等作用有關。

石菖蒲治陰血虧虛,心腎失調,神志不安者:精神恍惚,驚悸怔仲,夜寐多夢,健忘盜汗,舌紅少苔,脈細而數。柏子仁12g,枸杞子9g,麥門冬5g,當歸5g,石菖蒲5g,茯神5g,玄參6g,熟地黃6g,甘草6g.蜜丸,每服四、五十丸。柏子養心丸(《體仁匯編》)

對呼吸系統的作用

石菖蒲中所含的α-細辛醚有平喘作用，能對抗組胺引起的支氣管收縮， 并有鎮咳作用。臨床上對支氣管哮喘患者的肺通氣功能有改善作用。

對消化系統的作用

內服能促進消化液的分泌及制止胃腸異常發酵，并有弛緩腸管平滑肌痙攣的作用：菖蒲揮發油1：500000,對豚鼠離體回腸能減弱乙酰膽堿對腸管的興奮作用，濃度加大作用更顯著，α-細辛醚1：25000、1：19000、1：25000，β-細辛醚1：3000、1：12000、1：12000、1：6000分別能阻斷10（-4）mol/L乙酰膽堿、5-羥色胺、組胺對離體豚鼠氣管的收縮作用。

對泌尿系統的作用

石菖蒲治心腎兩虛的尿頻或滑精證:桑螵蛸9g,遠志6g,菖蒲6g,龍骨15g,人參9g,茯神12g,當歸9g,龜甲15g。以上為末,夜臥人參湯調下2錢。方中石菖蒲宣竅寧心,為佐藥。桑螵蛸散(《本草衍義》)

抗真菌作用

菖蒲水浸劑（1：3）， 在試管內對堇色毛癬菌、同心性毛癬菌、許蘭黃癬菌、奧杜盎小芽胞癬菌、鐵銹色小芽胞癬菌、羊毛狀小芽胞癬菌、腹股溝表批癬菌、紅色表皮癬菌、考夫曼-沃爾夫表皮癬菌、星形奴卡菌等皮膚真菌均有不同程度的抑制作用。

石菖蒲治陰汗濕癢:石菖蒲、蛇床子等分,為末。日搽二三次。(《濟急仙方》)

降溫作用

α-細辛醚0.5mg/kg和3mg/kg腹腔注射，能分別降低小鼠體溫1.8℃和3.5℃，并能翻轉麥角酸二乙胺的升溫為降溫，平均降低1.3℃。亦有報道，細辛醚無降溫作用，亦不能對抗麥角酸二乙胺的升溫作用。

抗腫瘤作用

石菖蒲揮發油0.042、0.085ml/kg灌胃，連續7天，對小鼠肝瘤有抑制作用。0.062ml/kg腹腔注射,0.085ml/kg灌胃,連續9天,對小鼠肉瘤-180有抑制作用。石菖蒲20%煎劑能在體外全部殺死小鼠腹水癌細胞。