乳蛋白分子大小

水解奶粉與普通奶粉所用原料一樣，區別在于其中所含乳蛋白的分子量大小。水解奶粉是將其中嬰兒難以吸收的大分子蛋白，用特殊的工藝切割、分解成小分子蛋白，更適合于嬰兒尚未發育成熟的消化道。

根據蛋白水解的程度，水解奶粉又分為適度水解奶粉、深度水解奶粉與純氨基酸奶粉。水解后的奶粉更易于嬰兒消化、吸收，能有效改善嬰兒胃腸功能弱的癥狀。比如對奶粉中大分子蛋白的消化、吸收障礙，甚至對牛奶蛋白過敏而引起的胃腸道不適癥狀，比如吐奶、腹脹、便秘、腹瀉、腸痙攣、腸絞痛等。

營養價值

水解奶粉并不會比普通奶粉營養價值更高，也并不適合孩子大了，長期使用，畢竟孩子的胃腸道是不斷發育成熟的，后期慢慢寶寶消化蛋白質的能力增強了，還是需要用普通奶粉，讓孩子腸胃接受蛋白質能力增強，為后續寶寶過渡成人飲食做必要準備。

水解奶粉價格更貴

但是水解奶粉較普通奶粉營養略低而且價格昂貴，僅用于六個月內的嬰兒或者特殊過敏體質的嬰兒。隨著嬰兒的月齡增大，消化功能逐漸完善，即可更換為普通奶粉。