第一步

灌腸。目的是清理腸道，腸道內部越清潔，檢查的效果就越理想。所以灌腸是腸鏡檢查必經的過程。

第二步

脫去褲子，側躺在檢查床臺上。一般可以采用肘膝位,彎腰位,左側臥位,仰臥位或截石位或是蹲位進行,包括視診和觸診,視診就是觀察肛門周圍有無膿血,膿性分泌物,肛門周圍粘膜有無蒼白,肥厚,上皮脫落現象,有無充血,水腫,有無瘺管口,有無外痔及皮疹等.

第三步

指診：檢查者帶上專用的塑膠手套，用手指探入肛門，檢查直腸下部的情況。

肛外指檢：戴好手套后，用食指觸及肛門周圍有無硬結、腫物和壓痛，有無波動感，并檢查肛外皮下有無瘺管、索條及走向等。

肛內指檢即肛門直腸指檢，檢查方法是：在戴好手套或指套后，在食指和肛門部位涂些潤滑油，將食指伸入直腸內檢查。如肥皂液,凡土林,液體石臘等

第四步

指診后采用腸鏡做深入檢查。醫生帶攝像鏡頭的細管從肛門插入腸道，并在插入后不斷往里推進。由于推進中可能在加氣擴充腸道以便腸鏡進入，此時有腹脹的感覺。

在檢查過程中應注意被檢查者的表情,并詢問有無不適或疼痛.注意粘膜是否光滑,有無腫塊及搏動感.男性還可觸診前列腺與精囊,女性則檢查子宮頸,子宮,輸卵管等,必要時配用雙合診.正常人,直腸指診可感輕度不適,但無痛感.

第五步

如果需要，醫生還會利用腸鏡在腸道取樣進行下一步的活檢。在旁的電腦顯示器中，醫患雙方都可以觀察到腸道內部的情況。