有物理方法，化學方法及生物方法，但生物方法利用生物因子去除病原體，作用緩慢，而且滅菌不徹底，一般不用于傳染疫源地消毒，故消毒主要應用物理及化學方法。

　　(一)物理消毒法

　　1.機械消毒

　　一般應用肥皂刷洗，流水沖凈，可消除手上絕大部分甚至全部細菌，使用多層口罩可防止病原體自呼吸道排出或侵入。應用通風裝置過濾器可使手術室、實驗室及隔離病室的空氣，保護無菌狀態。

　　2.熱力消毒

　　包括火燒、煮沸、流動蒸氣、高熱蒸氣、干熱滅菌等。能使病原體蛋白凝固變性，失去正常代謝機能。

　　(1)火燒

　　凡經濟價值小的污染物，金屬器械和尸體等均可用此法。簡便經濟、效果穩定。

　　(2)煮沸

　　耐煮物品及一般金屬器械均用本法，100℃1～2分鐘即完成消毒，但芽胞則須較長時間。炭疽桿菌芽胞須煮沸30分鐘，破傷風芽胞需3小時，肉毒桿菌芽胞需6小時。金屬器械消毒，加1～2%碳酸鈉或0.5%軟肥皂等堿性劑，可溶解脂肪，增強殺菌力。棉織物加1%肥皂水15l/kg，有消毒去污之功效。物品煮沸消毒時，不可超過容積3/4，應浸于水面下。注意留空隙，以利對流。

　　(3)流動蒸氣消毒

　　相對濕度80～100%，溫度近100℃，利用水蒸氣在物何等表面凝聚，放出熱能，殺滅病原體。并當蒸氣凝聚收縮產生負壓時，促進外層熱蒸氣進入補充，穿至物品深處，加速熱量，促進消毒。

　　(4)高壓蒸氣滅菌

　　通常壓力為98.066kPa，溫度121～126℃，15～20分鐘即能徹底殺滅細菌芽胞，適用于耐熱、潮物品。

　　(5)干熱滅菌

　　干熱空氣傳導差，熱容量小，穿透力弱，物體受熱較慢。需160～170℃，1～2小時才能滅菌。適用于不能帶水份的玻璃容器，金屬器械等。不同病原體的熱耐受力，以熱死亡時間表達。