選擇優質菌種

口服的益生菌從口腔經過胃部的胃酸，還有膽囊的膽汁的「考驗」而到達腸道發生作用，就需要相當優質的菌種，目前市面上的細生菌種類非常多，但一般而言，還是以雙歧桿菌、乳酸桿菌(比菲德氏菌)與鏈球菌屬這3種益生菌的效果最好。

菌群保持活性且數量充足

補充益生菌想要達到保護腸道的效果，需要足夠的數量，平均每次至少要補充50到100億CFU(菌種形成單位)，而且生菌厭氣、不耐高溫，大多在接觸空氣一段時間，或是環境溫度超過攝氏40度時，就會失去活性。而益生菌要是活菌才具生理作用，所以必須注意要在有效食用期限內使用。坊間有不少益生菌產品號稱含有上百億CFU的益生菌，但其實都是在生產包裝時存在的數量，在運輸與放置陳列后，活性與數量都會大大減少。而根據美國優酪乳營養管制協會規定，每一克優酪乳培養菌需含有1億以上的CFU。一般優酪乳150～200 克，約含100至2000億的CFU;一般補充品(錠劑包裝)，每顆含2000-7000萬的CFU。

菌群能長期存留在腸道內

益生菌在服用一段時間后仍能存留在腸道，才能發揮其應有的保護腸道、對抗壞菌的功能，許多市面上的優酪乳或補充劑，雖然含有豐富的益生菌，但卻無法在腸道停留，所以即便能夠促進消化，但功能也相當有限。