初為稀便，4～6次/日，進行性加重排黏液血便和膿液。急性發病者開始即為血便伴腹痛、嘔吐、發熱及其他中毒癥狀。
輕者常不明顯，重者可有發熱，水電解質紊亂；患兒由于長期腹瀉、便血、食欲不振、心率增快、衰弱、精神萎靡，久之即出現貧血和營養不良等表現，約有3%的患兒表現為情緒不穩定，如抑郁、焦慮、失眠等；重癥病例亦可伴有生長發育障礙，青春發育延遲，部分患兒伴有精神、心理及情緒異常。
25%的患兒可伴有關節炎，以四肢和脊柱為主，關節癥狀有時發生在腹瀉之前。10%的患兒發生皮膚病變，如結節性紅斑、壞疽性膿皮病。2%可伴有視網膜炎、口腔潰瘍等。
起病多數緩慢，病程可為持續性，常有發作期與緩解期交替，10%的患兒為急性發作，病情發展快，全身中毒癥狀明顯，并發癥多見，病死率高，緩解期病情亦可突然加劇，精神刺激、疲勞、腸道炎癥、飲食失調常為本病的誘發因素。
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