消化道出血

克羅恩病可以發生在消化道的任何一段，包括食管、胃、小腸和大腸。如果病變累及到血管則會出血：如果病變發生在食管和胃，則可以表現為吐血;如果累及直腸，則會解鮮紅的血便，出血量與累及的血管的粗細和血管壓力有關，血管(尤其是動脈)越粗，則出血量越大，甚至還會出現暈厥。如果哪天自己發現大便變黑或者呈暗紅色，或者吐血了，就要考慮可能并發了消化道出血。

腸梗阻

克羅恩病影響腸壁的厚度。隨著時間推移，部分腸管增厚，變窄，導致消化道阻塞，消化的食物不能通過。可能需要手術切除病變腸管。

潰瘍

慢性炎癥可以導致消化道任何部位出現潰瘍，包括口腔、肛門，以及會陰部。

瘺管

有些潰瘍深達肌層，繼而可以穿透腸壁，產生瘺管，即不同器官之間異常的聯通。瘺管可以出現于腸管和皮膚之間，或者腸管與其他器官之間。肛門周圍的瘺管最為常見。

當腹部出現瘺管時，食物會繞過吸收營養的腸管。瘺管也可能發生在腸管之間，或者向膀胱、陰道、皮膚穿透，導致腸道內容物從皮膚流出。

部分病例中瘺管可能合并感染，形成膿腫，不治療可能危及生命。